Zespoły, z którymi współpracowała Joanna Marcinkowska :

- WRD Radio Orchestra of Cologne / das WRD Rundfunkorchester Köln
- Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Pomorskiej im. I.J. Paderewskiego w Bydgoszczy
- Orkiestra Filharmonii Szczecińskiej im. M. Karłowicza
- Orkiestra Filharmonii Krakowskiej im. K. Szymanowskiego
- Orkiestra Kameralna "Capella Bydgostiensis" w Bydgoszczy
- Orkiestra Symfoniczna Akademii Muzycznej w Poznaniu
- Orkiestra Symfoniczna Akademii Muzycznej w Warszawie
- Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Koszalińskiej im. S. Moniuszki
- Młodzieżowa Orkiestra Kameralna Akademii Muzycznej w Poznaniu
- Orkiestra Kameralna „Concerto Avenna” w Warszawie
- Orkiestra Kameralna Polskiego Radia "AMADEUS" w Poznaniu
- Kwartet „Prima vista” ( Warszawa )
- Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Poznańskiej im. T. Szeligowskiego
- Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Lubelskiej im. H. Wieniawskiego
- Warszawska Orkiestra Symfoniczna „SONATA” im. Bogumiła Łepeckiego
- Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Dolnośląskiej w Jeleniej Górze
- Polska Orkiestra "Sinfonia Iuventus" w Warszawie
- Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Łódzkiej im. A. Rubinsteina
- Orkiestra Symfoniczna im. W. Lutosławskiego w Płocku
- Polska Filharmonia "Sinfonia Baltica" w Słupsku